I primi restauri e abbellimenti avvennero durante il pontificato di Gregorio
III (731-741); nei secoli successivi la chiesa fu ornata con splendidi affreschi,
oggi quasi del tutto perduti; alcuni rappresentavano figure di Santi, altri
le "Storie di S. Benedetto e di S. Silvestro" (ne restano tracce nella navata
destra). Quel poco che rimane nell'abside è invece un insieme di disegni
geometrici, con bellissime decorazioni imitanti le sfarzose stoffe del X
secolo. Dopo il 1000 la chiesa cominciò ad andare in rovina e sui suoi ruderi
ne fu edificata un'altra, nella prima metà del XII secolo, dal cardinale
Giovanni da Crema, in quel tempo titolare della basilica. È di quell'epoca
anche lo squadrato e massiccio campanile a bifore e trifore che si eleva
sulla destra della chiesa. Nel 1626 l'architetto Giovan Battista Soria conferì
all'antica basilica l'aspetto attuale e rifece completamente la facciata.
Questa è preceduta da un gran portico con corone doriche, sul quale vi è
un attico coronato da timpano triangolare.
Nel
mezzo del presbiterio, elevato si innalza un maestoso tabernacolo, che copre
l'antico altare maggiore di paonazzetto. Il tabernacolo risale al XII secolo, e in esso si conservano le reliquie di S. Crisogono e di S. Giacomo. Il tabernacolo è sorretto da quattro colonne di alabastro. Sui capitelli jonici poggiano graziosi putti in atto di sorreggere la cornice e la cupola di coronamento. Questa è coperta di lamine di metallo a squame e termina con il globo e la croce.
Nel centro dell'abside, sul tamburo, si può ammirare uno dei primi lavori di Pietro Cavallini, grande mosaicista romano della fine del '200.
Su fondo oro la Madonna, avvolta in un ampio manto azzurro, siede in atteggiamento regale, sopra un ricco trono adorno di colonnine tortili, con il Bambino sulle ginocchia.
A fianco sono S. Crisogono in abito militare e S. Giacomo con tunica e mantello purpureo. Imponente è la figura della Vergine dal volto sereno illuminato da grandi occhi pensosi.
Nelle forme dei due Santi già circola quella linfa vivificatrice, che in seguito scioglierà del tutto le membra irrigidite delle figure bizantine.